Analiza zasobów genowych roślin uprawnych metodami genomicznymi

Analiza zasobów genowych roślin uprawnych metodami genomicznymi

Analiza zasobów genowych roślin uprawnych metodami genomicznymi przeprowadzana jest w celu opracowania charakterystyki ich materiału genetycznego. Nowe metody badawcze oraz uzyskane dzięki nim dane pozwalają hodowcom na zwiększenie efektywności i skuteczności prowadzonych programów hodowlanych poprzez wstępne projektowanie właściwości nowych odmian. Narzędziem służącym do osiągnięcia tego celu są platformy molekularne pozwalające na gromadzenie i efektywne przeszukiwanie dużych wolumenów heterogenicznych danych referencyjnych.

Wychodząc naprzeciw potrzebom nowoczesnego rolnictwa, w ramach projektu Agrobank powstał portal AgroGenome. W jego ramach udostępnione zostały dane o zasobach genowych zgromadzonych w Polskim Banku Genów i opracowanych metodami genomicznymi w trakcie trwania projektu. Pozwala on na prezentację danych paszportowych dotyczących genotypów, cech fenotypowych oraz interaktywną wizualizację wyników analiz typu GWAS na wykresach Manhattan oraz za pomocą aplikacji JBrowse.

Portal AgroGenome może być wykorzystywany przez hodowców i badaczy w celu analizy różnorodności badanych genomów. Szczególnie ważna jest identyfikacja markerów umożliwiających śledzenie określonych cech i identyfikacja QTL (Quantitative Trait Loci). Portal AgroGenome ułatwia eksploatację i wykorzystanie zasobów genowych roślin zgromadzonych w Polskim Banku Genów.

Marcin Krystek
Dział Inżynierii Danych i Platform Analitycznych, PCSS
Czembor J. H., Czembor, E., Krystek M., Pukacki J.
Agriculture (Switzerland), 2023, 13(1), art. no. 193, ISSN: 2077-0472