Artykuł w czasopiśmie „Nature”: superkomputer z PCSS pomaga w walce z pandemią

2021-03-04

Artykuł w czasopiśmie „Nature”: superkomputer z PCSS pomaga w walce z pandemią

W najnowszym wydaniu czasopisma „Nature” – jednego z najbardziej prestiżowych czasopism naukowych na świecie, ukazał się artykuł opisujący wyniki międzynarodowych prac badawczych w zakresie predykcji rozwoju pandemii Covid-19 z wykorzystaniem zaawansowanych modeli oraz mocy obliczeniowej zasobów superkomputera “Eagle”.

W ramach współpracy z partnerami z Wielkiej Brytanii, rozwijane w ramach projektu VECMA oprogramowanie do walidacji, weryfikacji i oceny niepewności (VVUQ) zaawansowanych modeli obliczeniowych zostało użyte do analizy modelu epidemiologicznego CovidSim rozwijanego przez Imperial College London. CovidSim był podstawowym modelem wykorzystywanym przez rząd Wielkiej Brytanii do przewidywania rozwoju epidemii koronawirusa na Wyspach Brytyjskich. Na wczesnym etapie trwania epidemii, jego oszacowania wpłynęły m.in. na zmianę podejścia decydentów z próby uzyskania odporności zbiorowiskowej, na politykę lockdown’u.

W celu określenia jakości przewidywań modelu CovidSim, a więc w celu oceny jego praktycznej użyteczności, zespół pod kierownictwem prof. Peter’a Coveney’a z UCL, opracował scenariusze, które miały za zadanie sprawdzić, jak zachowa się model przy uwzględnieniu niepewnych lub zmiennych parametrów wejściowych (takich jak np. czas inkubacji wirusa, okres zarażania, czy też długość kwarantanny). Wyniki badań zostały opublikowane w czasopiśmie Nature Computational Science. Pokazały one bardzo dużą wrażliwość modelu CovidSim na niektóre z parametrów, a co za tym idzie dużą jego niepewność. Zaobserwowano jednak dość wyraźnie tendencję modelu do niedoszacowywania podstawowych wskaźników epidemii, w tym liczby zgonów.

Przeprowadzenie niezbędnych badań wymagało wykonania szeregu wymagających obliczeń w stosunkowo krótkim czasie. Było to możliwe m.in. dzięki wykorzystaniu narzędzia QCG-PilotJob rozwijanego w Dziale Aplikacji i Usług Wielkiej Skali, które pozwoliło na efektywne uruchamianie logicznie niezależnych zadań w ramach jednej alokacji systemu kolejkowego. Należy także podkreślić fakt, że większość obliczeń została przeprowadzona dzięki uprzejmości Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego, które udostępniło zasoby klastra Eagle. Za wykonanie badań i przygotowanie publikacji odpowiedzialny był Bartosz Bosak z Działu Aplikacji i Usług Wielkiej Skali PCSS. Duży wkład w prace mieli także Piotr Kopta i Tomasz Piontek.

Artykuł dostępny jest TUTAJ.